Secara birokrasi, lembaga ini dibawah Kemenristek. Namun, Eijkman beroperasi selayaknya perusahaan swasta. Mereka bisa merekrut penelitinya sendiri. Meski dibiayai oleh uang negara, status peneliti Eijkman bukan pegawai negeri sipil (PNS).
Hal inilah yang membuat Lembaga Eijkman berhasil melakukan riset-riset yang monumental, seperti mengidentifikasi pelaku bom bunuh diri pada kasus terorisme.
Selain itu, lembaga ini menghasilkan pengakuan peran garis depan biologi molekuler dalam menanggapi keamanan hayati dan ancaman biosekuriti, serta dalam diagnosis penyakit menular yang baru muncul, seperti flu burung dan Covid-19.
Lembaga Eijkman memang punya peranan penting selama pandemi Covid-19. Mereka membentuk Tim Waspada Covid-19 (Wascov) dengan tugas seperti mendistribusikan alat tes, mengambil sampel, hingga memeriksanya di lab khusus.
Salah satu kontribusi Lembaga Eijkman adalah pengembangan vaksin merah putih. Vaksin ini disebut memiliki keunggulan dibandingkan dengan vaksin lainnya.
